shRNA即短發卡RNA（short hairpin RNA），包含一段緊密發卡環結構，常被用于RNA干擾沉默靶基因的表達。

siRNA是小干擾RNA，是一種雙鏈RNA，3’端含有兩個突出的非配對堿基。siRNA可以激活RNA干擾，信使鏈被移除，向導鏈引導對靶標RNA的切割和降解。

雖然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它們的作用機制有所不同。

shRNA是siRNA或者miRNA的前體，shRNA在轉錄后可以從細胞核轉移到細胞質，在細胞質中其環結構被Dicer酶切割，釋放siRNA。

siRNA的信使鏈被移除，向導鏈引導RNA誘導沉默復合體（RISC）對靶標RNA進行切割和降解，實現特定mRNA翻譯的抑制。

shRNA的作用方式是利用載體把shRNA導入細胞核內，在某些情況下，載體可以穩定地整合到基因組中，可以被傳遞到子代細胞中去，從而使基因的沉默可被遺傳。

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